支付宝医保办理转诊手续的流程如下:

先自己准备好激活好的医保卡 电话咨询医保缴纳所在地的人力保障局 人力保障局会核实身份及就医所在地信息及时间完成备案→备案后可以立即在就医医院缴费处办理自费转医保。支付宝转诊和纸质转诊是不一样的，支付宝转诊属于异地就诊的电子备案，只办理支付宝转诊不属于正常转诊，报销比例会低于正常转诊20%。