跨市异地就医备案网上办理流程如下：

1、持本人社会保障卡和二代身份证，到参保地医疗保险经办机构，办理异地就医登记备案，如已在异地居住，可委托他人进行备案

2、填写《基本医疗保险异地就医登记表》

3、查询备案医院是否在异地就医住院费联网直接结算定点医疗机构名单里

4、参保地医保经办机构核对，并将参保人信息上传至异地就医结算平台。根据相关法律规定，社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。