非法拘禁三个小时不能立案。

国家机关工作人员涉嫌利用职权非法拘禁，具有下列情形之一，应予立案。

非法拘禁持续时间超过二十四小时；

三次以上非法拘禁他人，或一次非法拘禁三人以上；

非法拘禁他人，并实施捆绑、殴打、侮辱等行为；

非法拘禁，致人伤残、死亡、精神失常；

为索取债务非法扣押、拘禁他人；

司法工作人员对明知是无辜的人，而非法拘禁。