有以下大学：

南通大学：规模结构合理、学科门类齐全、教学质量优秀、办学效益明显的地方综合性大学。

南通高等师范学院：我国第一所独立设置的中等师范学校。

南通纺织职业技术学院：我国第一所纺织专科学校。

南通职业大学：全国办学历史最长的高等职业院校之一。

紫琅职业技术学院：具有颁发高等教育学历文凭资格的全日制民办普通高校，也是南通市第一所民办高校。

南通开放大学：以现代信息技术为支撑，面向全体社会成员，服务全民终身学习的新型高等学校。

南通航运职业技术学院：全日制普通高等学校。

南通农业职业技术学院：公办全日制普通高校。

南通市商业职业技术学校：以举办五年制高职为主的专科层次的全日制普通高等职业学校。

江苏联合职业技术学院南通商贸分院：以五年制高职教育为主的专科层次的全日制普通高等职业学校。