鉴于三江源是以长江、黄河、澜沧江三条大江大河源头生态系统为主要保护对象的自然保护区，保护对象复杂、地理区位独特，根据保护区主体功能确定为以高原湿地生态系统为主体功能的自然保护区网络。其主要保护对象为：

1 、高原湿地生态系统，重点是长江源区的格拉丹冬雪山群、尕恰迪如岗雪山群、岗钦雪山群，黄河流域的阿尼玛卿雪山、脱洛岗雪山和玛尼特雪山群，澜沧江流域的色的日冰川群当曲、果宗木查、约古宗列、星宿海、楚玛尔河沿岸等主要沼泽以及列入中国重要湿地名录的扎陵胡、鄂陵湖、玛多湖、黄河源区岗纳格玛错、依然错、多尔改错等湿地群。

2 、国家与青海省重点保护的藏羚、牦牛、雪豹、岩羊、藏原羚、冬虫夏草、兰科植物等珍稀、濒危和有经济价值的野生动植物物种及栖息地。

3 、典型的高寒草甸与高山草原植被。

4 、青海 川西云杉林、祁连大果圆柏林，山地圆柏疏林高原森林生态系统及高寒灌丛、冰缘植被、流坡植被等特有植被。