眼看：水晶玉在形成过程中，往往受环境影响总含有一些杂质，对着太阳观察时，可以看到淡淡的均匀细小的横纹或柳絮状物质，而水晶石多采用残次的水晶渣、玻璃渣熔炼，经过磨光加工、着色仿造而成，没有均匀的条纹、柳絮状物质；

舌舔：即使在炎热夏季的三伏天，用舌头舔天然水晶表面，也有冷而凉爽的感觉，水晶石，则无凉爽的感觉；

光照：水晶玉竖放在太阳光下，无论从哪个角度看它，都能放出美丽的光彩，水晶石则不能；

硬度：水晶玉硬度大，用碎石在饰品上轻轻划一下，不会留痕迹；若留有条痕，则是水晶石；

用偏光镜检查：在偏光镜下转动有四明四暗变化的是天然水晶，没有变化的是水晶石；

用二色检查：紫水晶玉有二色性，水晶石没有二色性；

用放大镜检查：用十倍放大镜在透射光下检查，能找到气泡的基本上可以定为水晶石；

用头发丝检查：将水晶放在一根头发丝上，人眼透过水晶能看到头发丝双影的，则为水晶玉，主要是因为水晶具有双折射；

用热导仪检测：将热导仪调节到绿色测试宝石，水晶玉能上升至黄色，而水晶石不上升，当面积大时上升至黄色一格。