不同的动产的抵押登记机关有：

1、企业设备、原辅材料、产品或商品等，工商部门，《企业动产抵押物登记管理办法》；

2、非农用机动车，车辆管理局，《机动车登记办法》；

3、农用机器设备，农机站；

4、农作物和其他农业收获物，农业局；

5、果园、树林，林业局；

6、船舶《海商法》所指，海事局《海商法》、《船舶登记条例》；

7、渔业船舶，渔政渔港监督管理局，《渔业船舶登记办法》；

8、民用航空器，民用航空管理部门，《民用航空法》。

【法律依据】

国家工商总局《企业动产抵押物登记管理办法》第一条规定，为加强对企业动产抵押物的登记管理，防止重复抵押，保障抵押债权的实现，根据《中华人民共和国担保法》的有关规定制定本办法。